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10個有關病原次世代基因定序(Next Geneation Sequencing,NGS)領域的大哉問

Q1:新鮮人若是想進入到NGS產業,需要具備哪些能力

以NGS產業而言,可以觀察到大多夥伴來自醫學院科系,例如:生科、醫檢、公衛等背景。為對應產業需求,分子生物實驗操作技能是首要考量點,再者是擁有Dry Lab分析能力或程式撰寫技能為佳。若新人具備以上其中一項技能都會有很大的加分效果,進入業界不需要重新訓練,比相對無經驗者領先許多。

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Q2:請問mNGS與NGS之間的差異為何

NGS前的m指的是metagenomic,就是總體基因定序。mNGS的臨床應用是基於NGS這個平台,把病人檢體送至實驗室進行次世代基因定序,將「所有」檢體內的核酸物質片段定序後,過濾病人的背景基因片段,找出可能致病的細菌、病毒、真菌或寄生蟲。

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Q3:請問NGS的敏感度(sensitivity)高達40M~100M,會不會有偽陽性(false positive)的問題?

首先我們要了解沒有一個檢驗是完美的,NGS的特點在於它非常之靈敏,即使很微弱的訊號都能偵測到,比現行傳統的檢驗方式更為準確。反之,NGS因其敏感度過高,所反映出的檢測結果應結合病人的臨床情況,提供醫師判斷是否具臨床意義。(通常在傳統檢驗找不到任何病因時,都會交由NGS來找出問題所在,看重的恰好是NGS極高的敏感度,最怕什麼都驗不出來,而不是偽陽或偽陰性)

Q4:請問mNGS可以做局部感染的檢測嗎?

mNGS可以做局部感染檢測,例如組織、骨頭、肌肉等部位都能採檢。但值得注意的是,採檢部位必須是病兆處,才能真實反映檢測結果。

Q5:請問NGS未來有機會被納入健保嗎?

目前而言,NGS納入健保還有一段很長的路要走,要先證明此新興檢測方式確實可以幫政府省錢,再去跟健保局協商相對應的價格,這一整個過程預計至少需要3至5年才能完成。即使未來要納入健保,也會針對特定的檢驗項目進行逐步性開放,但還是需要時間讓整個產業環境發展成熟。

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Q6:請問個人要如何申請NGS檢測?

以亞洲準譯(APG)為例,目前檢測對象以院內常規之病患為優先考量。建議先詢問就近的大型醫療院所,醫師會先評估是否需動用NGS檢測,再透過醫療機構尋求相關的聯繫管道。(若病患符合醫院與NGS機構簽訂的合作研究案標準,費用部分則無需自行負擔)

Q7:請問NGS技術未來普及的情況下,高昂的價格是否會下修?

亞洲準譯(APG)提供世界上最高規格的病原NGS檢測服務,在業界中性價比已數一數二,國外做一個NGS檢測需要3000美金(約10萬台幣),但在台灣則是介於2至4萬台幣,價格上已相對有競爭力。未來隨著公司進程及產業技術更加純熟,產品價格勢必會變得更低,品質更好。

至於為什麽NGS價格會比較昂貴?除了新興檢測技術本身研發不易、LDTs實驗室認證成本外,因NGS技術目前主要開放給緊急需求之病患,不像傳統檢測可採大批次檢體上機,因此無法共同分擔檢測成本。

Q8:請問亞洲準譯未來會有考慮加入PacBio等相關長片段技術嗎?

李定寰營運長表示,未來不排除各種可能性,理論上長序列片段的NGS技術會較準確,但相對而言成本就會變高,三代的定序費用會高於二代的費用2至3倍,價格考量會直接地影響是否能落地到臨床終端使用。

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Q9:請問亞洲準譯mNGS是使用公開資料庫嗎

亞洲準譯(APG)擁有自行開發的 APG 資料庫及病原分析系統 (APG Pathogen Analysis Systems, APGPAS),可以為定序結果提供精準的病原體鑑定結果,更收錄台灣特有物種序列,使資料庫的比對高度符合在地生態。

若是使用公開資料庫,有許多眉角需要留意,包含如何挑選到具代表性的基因、符合當地環境且臨床可用的物種、合適的分析系統等。

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Q10:請問新興生技產業(例如:NGS領域)與一般藥業的差別?

李定寰營運長表分享自身看法,先前是在藥廠的領域工作,當中每個細節都會有專業領域的人負責解決,分工相當的仔細。直到跳到新興生技產業,才發現需要具備跨領域不同專業的能力,這部分有極大的差別。